Facultatea de Teologie „Andrei Șaguna” din Sibiu a luat ființă în urmă cu 220 de ani (1786) în perioada de început a învățământului pedagogic și teologic din Transilvania și a funcționat de atunci sub diferite nume și cu diferite grade de calitate.

După Dimitrie Eustatievici (1786) și Gheorghe Lazăr (1811), a urmat o primă perioadă de înflorire datorată Mitropolitului Andrei Șaguna, apoi transformarea Institutului în Academia teologică „Andreiană”, cu 4 ani de studii, în timpul păstoririi Mitropolitului Nicolae Bălan, fost profesor al Institutului. Acest a a format o nouă pleiadă de profesori, toți cu specializări în străinătate, o adevarată „școală teologică” sibiană: Nicolae Colan (1922-1936), rector din 1928, ulterior episcop la Cluj, mitropolit al Ardealului, membru titular al Academiei Române, Nicolae Terchilă, Dumitru Stăniloae (1929-1946), rector din 1936, teologul cunoscut azi în toată lumea creștină, mai târziu profesor la București, iar spre sfârșitul vieții membru al Academiei Romane, Nicolae Popovici, Grigorie Marcu, Spiridon Cândea, Liviu Stan, Teodor Bodogae, Corneliu Sârbu, Nicolae Mladin, Gheorghe Șoima, Dumitru Călugăr.

După 1948, când au mai rămas în țară doar doua instituții de învățământ teologic superior ortodox, profesorii Institutului și-au făcut din plin datoria la catedra și la altar, în pofida condițiilor vitrege create de regimul comunist, sub control permanent al Departamentului Cultelor și al organelor de securitate. Aici s-au format aproape jumătate din preoții Bisericii Ortodoxe Romane, corpul profesoral aducându-și o contribuție hotărâtoare la păstrarea și aprofundarea spiritualității strămoșești în condiții social-politice și economice nu doar noi, ci în majoritatea cazurilor ostile. Din această perioadă mai menționăm pe profesorii Nicolae Neaga, Sofron Vlad, Isidor Todoran, Dumitru Belu, mai apoi Milan Sesan, Mircea Păcurariu, membru corespondent al Academiei Române, Dumitru Abrudan, Ioan Ică, Ilie Moldovan, care i-au format pe mulți dintre profesorii de astăzi ai facultății.

Alt moment important de-a lungul istoriei a fost 1984 când, de fapt mult mai târziu decât ar fi fost cazul, s-a acordat Institutului dreptul de a conferi doctoratul în Teologie.

Încă de la începutul secolului XX și până în prezent, profesorii s-au dovedit a fi promotori de nădejde ai apropierii dintre confesiunile creștine. Odată cu intrarea Bisericii Ortodoxe Romane în circuitul ecumenic postbelic (1961), angajamentul ecumenic al profesorilor Institutului s-a putut manifesta plenar, atât prin promovarea „ecumenismului local” din țară, cât și prin participarea la diferite acțiuni ecumenice internaționale, la toate nivelurile.

După 1991 a fost posibilă și consacrarea instituțională a unor legături ecumenice parteneriale cu alte facultăți de teologie din țară și de peste hotare, ortodoxe și de alte confesiuni. Pe lângă relațiile de parteneriat cu unele instituții de învățământ teologic superior din străinătate, la care ne vom mai referi, Facultatea noastră are o conlucrarea strânsă cu Facultatea de Teologie Luterană din Sibiu, actualmente Departament al Universității Lucian Blaga din Sibiu. Relații parteneriale există și cu Facultatea de Teologie Romano – Catolică, a Universității „Alexandru Ioan Cuza” din Iași.

Din septembrie 1991 Institutul Teologic din Sibiu s-a integrat în Universitatea din Sibiu, cu denumirea de Facultatea de Teologie „Andrei Șaguna”. Statutul tuturor facultăților de teologie, în cadrul universităților de stat a fost reglementat printr-un Protocol încheiat între Patriarhia Română și Ministerul Învățământului. La început, Facultatea de teologie „Andrei Șaguna” a funcționat cu trei specializări: Teologie Pastorală – pregătind viitorii slujitori ai altarelor -, Teologie Litere – pregătind profesorii de Religie, și secundar Limba și Literatura Română, limbi străine (engleza, franceza, germana) -, Teologie Asistență Socială, cărora li s-au adăugat pe parcurs alte două specializări: Teologie Istorie (2001), Teologie Patrimoniu – Conservarea și restaurarea operelor de artă – (2001).

Începând cu anul 1994 Facultatea de Teologie „Andrei Șaguna” a organizat programe post-licență de studii aprofundate, cu durata de două semestre, transformate în 2003 în programe de masterat cu durata de trei semestre, pentru cele patru specializări teologice tradiționale: Teologie Sistematică, Teologie Biblică, Teologie Istorică și Teologie Practică. Programul de studii doctorale, ce funcționează din 1984, este asigurat de către cei nouă conducători de doctorat, recunoscuți printr-un Ordin al Ministrului Educației Naționale fiind în prezent cel mai consistent din întreaga teologie universitară românească.

Un instrument de mare valoare științifică îl reprezintă în orice instituție de învățământ superior biblioteca. Facultatea de Teologie „Andrei Șaguna” are în folosință Biblioteca Mitropoliei Ardealului, cu un fond de carte de peste 230.000 de volume, 850 de titluri de reviste și alte periodice din țară și străinătate plus manuscrise și tipărituri vechi. Biblioteca facultății noastre este cea de-a doua ca importanță teologică la nivel național după biblioteca Facultății de Teologie din București. În prezent fișierele Bibliotecii sunt în cea mai mare parte informatizate și în curând urmând sa se realizeze integrarea cu celelalte biblioteci importante ale Sibiului.

Unii dintre absolvenții și profesorii Institutului/Academiei/Facultății noastre au fost aleși ierarhi ai BOR. Astfel îi amintim, dintre multi alții, pe Miron Cristea, primul patriarh al României, Nicolae Bălan, în trecut, și pe IPS Laurențiu Streza, IPS Daniel Ciobotea, I.P.S. Serafim Joanta, I.P.S. Iosif Pop, I.P.S. Nicolae Condrea – dintre ierarhii actuali ai Bisericii Ortodoxe Române. Notorietatea academică de care se bucură astăzi Facultatea noastră în spațiul teologic românesc și în străinătate se datorează faptului că din rândul foștilor profesori și studenți s-au distins o serie de personalități ale culturii românești, teologi, compozitori, istorici, scriitori, filosofi și pedagogi, pe lângă cei deja menționați: Zaharia Boiu, Nicolae Cristea, Dimitrie Comșa, Daniil Popovici Barcianu, Gheorghe Dima, Timotei Popovici, Gheorghe Soima, Ioan Lupas, Silviu Dragomir, Onisifor Ghibu, Lucian Blaga, D.D. Roșca, Andrei Oțetea, Mircea Păcurariu etc, dintre care 26 au devenit membrii titulari sau corespondenți ai Academiei Romane.